DNA/RNA Pulldown 是研究核酸（DNA 或 RNA）与蛋白质相互作用的核心技术，通过标记的核酸探针（DNA 探针或 RNA 探针）特异性捕获体内或体外结合的蛋白质，进而鉴定这些互作蛋白的种类或丰度。二者原理相似，但因核酸类型不同，实验细节存在差异。

核心原理

利用标记的核酸探针（如生物素标记） 作为 “诱饵”，与样本中的蛋白质提取物孵育，使探针特异性结合目标蛋白（或蛋白复合体）；随后通过标记物（如生物素）的亲和配体（如链霉亲和素磁珠）捕获复合体，经洗涤去除非特异性结合的蛋白后，对结合的蛋白进行分离、鉴定（如 Western blot 检测已知蛋白，质谱鉴定未知蛋白）。

DNA Pulldown：针对 DNA - 蛋白相互作用（如转录因子与启动子结合、染色质结合蛋白等）。

RNA Pulldown：针对 RNA - 蛋白相互作用（如 RNA 结合蛋白 RBP 与 mRNA、lncRNA、circRNA 的结合）。

DNA/RNA Pulldown检测技术服务流程

送样要求

1. 细胞样本

状态要求：

需为活细胞（避免凋亡或坏死细胞，因细胞死亡会导致蛋白降解、核酸释放，干扰相互作用）。

培养细胞需达到80%-90% 汇合度（对数生长期，活性最佳），避免过度融合导致细胞老化。

保存与运输：

新鲜样本：建议传代后 24-48 小时内送检，运输时用含冰袋的保温盒（4℃），避免冷冻（防止细胞破裂释放降解酶）。

冷冻样本：若无法新鲜送检，需用干冰速冻（-80℃冰箱预冷冻存管，加入细胞后立即放入干冰），之后 - 80℃保存，运输全程干冰（确保温度≤-70℃）。

数量要求：

每样本至少1×10⁷个细胞（根据细胞大小调整，如 HeLa 细胞约 1×10⁷个 / 管，小细胞可适当增加），建议分 2-3 管分装（避免反复冻融）。

其他：

注明细胞系名称、培养条件（如培养基、血清浓度），若涉及处理（如药物干预、转染），需提供处理时间和剂量。

2. 组织样本

状态要求：

需为新鲜组织（取材后 30 分钟内处理），避免自溶（组织离体后立即用预冷的 PBS 冲洗，去除血液、杂质及脂肪组织）。

优先选择均质化程度高的组织（如肝、肾等），纤维组织（如肌肉、肌腱）需提前剪碎（1-2 mm³ 小块），避免难以裂解。

保存与运输：

新鲜样本：4℃运输（冰袋保温），6 小时内送达实验室。

冷冻样本：取材后立即用干冰速冻（或放入 - 80℃冰箱 30 分钟以上），分装成 100-200 mg / 管（避免反复冻融），-80℃保存，运输全程干冰（温度≤-70℃）。

禁止用甲醛、多聚甲醛等固定（固定会破坏蛋白结构和核酸 - 蛋白相互作用）。

数量要求：

动物组织：每样本至少200 mg（约黄豆大小），特殊珍贵组织（如临床样本）可减少至 100 mg，但需提前与实验室沟通。

植物组织：因含较多多糖、多酚，需增加样本量（至少 500 mg），并注明组织类型（如叶片、根、茎，需去除表面杂质）。

3. 蛋白提取物样本（若自行制备）

制备要求：

需使用非变性裂解液（含 Tris-HCl、NaCl、NP-40 等，不含 SDS 等变性剂，避免破坏蛋白活性和核酸 - 蛋白相互作用）。

提取物中需加入蛋白酶抑制剂（如 PMSF、蛋白酶抑制剂鸡尾酒）和核酸酶抑制剂（DNA Pulldown 加 DNase 抑制剂，RNA Pulldown 加 RNase 抑制剂），防止蛋白或核酸降解。

浓度与体积：

蛋白浓度建议≥1 μg/μL，体积≥200 μL（单次实验需 500-1000 μg 总蛋白，建议多准备备份）。

需提供蛋白浓度测定结果（如 BCA 法），避免浓度过低影响实验。

保存与运输：

分装后 - 80℃保存，避免反复冻融；运输用干冰，确保全程低温。

4. 核酸探针（若客户自行提供）

DNA 探针：

纯度：OD₂₆₀/₂₈₀=1.8-2.0，无蛋白、盐类杂质（需提供琼脂糖凝胶电泳或 HPLC 质检报告）。

标记：生物素标记需明确标记位置（5' 端、3' 端或内部），浓度≥50 ng/μL，体积≥50 μL。

保存：-20℃或 - 80℃分装保存，避免反复冻融。

RNA 探针：

纯度：OD₂₆₀/₂₈₀=1.8-2.1，无 RNase 污染（需提供完整性检测，如琼脂糖凝胶电泳显示单一 bands，无降解）。

标记：生物素标记（体外转录或化学合成），浓度≥50 ng/μL，体积≥50 μL，需注明是否为单链 RNA。

保存：-80℃分装保存，避免反复冻融（RNA 易降解，建议合成后 1 周内使用）。

实验结果图